Jedním z nejvíce přehlíženy, že mnoho systémů souborů pomocí binární stromy pro správu adresářů. Oni zřídka používají obyčejný binární strom, ale některé změny, jako je například B-stromu. Důvodem je, že otázka uložení na disku stromu je na detaily implementace velmi důležité. Důvod, proč používat tento druh konstrukce je pro efektivitu a rychlost. To jim umožňuje dělat věci, jako je podpora tisíc souborů v adresáři. Srovnání pro vytváření souborů a občas vypouští zdůraznit efektivitu pro tento aspekt souborového systému.
Binární stromy jsou také používány na mnoha hrách, které poskytují 3D objekty. Opět platí, že důvod, proč je rychlost. Ve skutečnosti, rychlost je tak důležité, že některé herní motory, jako je Quake motor skutečně binární strom pre-tvořil a pre-optimalizovány jako součást mapa procesu sestavení.