Vícenásobný srovnávací (post hoc) pro každou skupinu po druhé ANOVA ve výzkumu

hlasů
0

Jsem pro výzkum zcela nové a potřebují nějakou pomoc jak se to udělat analýzu chci. Mám datový rámec, jako je tento (zjednodušená):

   Gene time      Expression
1    Gene1       W1  18.780294
2    Gene2       W1  13.932397
3    Gene3       W1  20.877093
4    Gene1       W2   9.291295
5    Gene2       W2  10.939570
6    Gene3       W2  12.236713
7    Gene1       W3  13.810722
8    Gene2       W3  23.944473
9    Gene3       W3  17.355429

Chci vědět, jestli existuje značný rozdíl mezi ‚výrazem‘ hodnoty střední hodnoty pro Genes (Gene 1, 2, 3) v každém časovém bodě (Week1, W2, W3 ...). Například, mám zájem vědět, jestli ve 3. týdnu (W3) exprese Gene1 je výrazně odlišná od Gene2 jsem provedl ANOVA a TukeyHSD

my_ANOVA = aov(Expression ~ Gene , data = my_Data)
summary(my_ANOVA)

my_posthoc =TukeyHSD(my_ANOVA, which = Gene) 
my_posthoc

Výsledky jsou

  Tukey multiple comparisons of means
    95% family-wise confidence level

Fit: aov(formula = Expression ~ Gene, data = my_Data)

$Gene
                 diff       lwr      upr     p adj
Gene2-Gene1 2.3113763 -11.24096 15.86371 0.8631245
Gene3-Gene1 2.8623080 -10.69002 16.41464 0.8002795
Gene3-Gene2 0.5509317 -13.00140 14.10326 0.9914716

To mi dává celkový comparission z Gene1 na Gene2 pro celé časové ose. Ale já chci vědět, zvláště pokud v čase W1, Gene1 a 2 diffrerent, nebo co v čase W3

Položena 10/10/2019 v 00:44
zdroj uživatelem
V jiných jazycích...                            


1 odpovědí

hlasů
0

Pokud si jen chcete rozdělit data podle času a spustit každou analýzu odděleně, že je velice jednoduché, i když datový soubor je příliš malý k výrobě použitelných výsledků:

my_Data.W <- split(my_Data, my_Data$time)
lapply(1:3, function(x) summary(aov(Expression~Gene, data=my_Data.W[[x]])))
lapply(1:3, function(x) TukeyHSD(aov(Expression~Gene, data=my_Data.W[[x]])))
Odpovězeno 10/10/2019 v 01:55
zdroj uživatelem

Cookies help us deliver our services. By using our services, you agree to our use of cookies. Learn more