Snakemake: RuntimeError stack trace chybí při použití Python fileConfig ()

hlasů
0

Mám snakefile s jedním pravidlem, který dováží místní Python skript a pak vyvolává RuntimeError. Když spustím snakefile, trasování zásobníku pro RuntimeErrornení zobrazen. Kód a snakemake výstupu jsou uvedeny níže.

// test.snakefile
rule test_rule:
    run:
        from test import hello
        print(hello)
        raise RuntimeError('raising error')
// test.py
import logging
import os
from logging.config import fileConfig

log_file_path = os.path.join(os.path.dirname(os.path.abspath(__file__)), 'logging_config.ini')
fileConfig(log_file_path)

hello = 'hello'

snakemake výkon:

...
[Mon Jan 13 14:45:54 2020]
rule test_rule:
    jobid: 0

Job counts:
    count   jobs
    1   test_rule
    1
hello
Shutting down, this might take some time.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

Nicméně, když jsem komentář mimo řádek fileConfig(log_file_path)v test.pya spustit snakemake, na RuntimeError trasování zásobníku se vytiskne podle očekávání:

Error in rule test_rule:
    jobid: 0

RuleException:
RuntimeError in line 5 of /my-dir/test.snakefile:
raising error
  File /my-dir/test.snakefile, line 5, in __rule_test_rule
  File /usr/lib/python3.6/concurrent/futures/thread.py, line 56, in run
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

Každý, kdo ví, proč se to stane?

Položena 14/01/2020 v 00:02
zdroj uživatelem
V jiných jazycích...                            

Cookies help us deliver our services. By using our services, you agree to our use of cookies. Learn more