Ano. Facebook podporuje desktopové aplikace, ale musí projít speciálním mechanismem autentizace. V podstatě, uživatel bude muset být zaměřena na facebooku přes okno webového prohlížeče jako součást procesu ověřování.
Zde je dokumentace o procesu ověřování: http://wiki.developers.facebook.com/index.php/Login_Desktop_App
Existuje poměrně leštěné Java knihovna na Facebooku zde: http://code.google.com/p/facebook-java-api/
V případě, že knihovna Java výše není vyhovuje vašim potřebám, můžete vytvořit implementaci na vlastní pěst. V podstatě budete muset komunikovat se serverem Facebook zbytek, jak je uvedeno v horní části stránky zde: http://wiki.developers.facebook.com/index.php/API
Edit: Poté, co dělá nějaký další výzkum mám několik dalších prostředků, aby poskytovaly: Zde je seznam některých aplikací napsaných používat Javu na facebooku:
http://wiki.developers.facebook.com/index.php/Facebook_apps_written_in_Java
A je tu i elegantní desktop aplikace, která je open source zde:
http://code.google.com/p/fb-photo-uploader/
Hodně štěstí!