Otázky označené [snakemake]

hlasů
5
odpovědí
4
zobrazení
490
mód emacs pro snakemake?
Položena 15/06/2013 v 20:08
uživatelem user2489449
hlasů
0
odpovědí
0
zobrazení
89
Neplatný ukazatel a proměnná není definována chyba
Položena 11/08/2015 v 10:03
uživatelem Marcel M
Položena 24/08/2015 v 10:52
uživatelem rioualen
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
66
Průchozí seznamů souborů s bash - syntaktická chyba
Položena 31/08/2015 v 14:40
uživatelem rioualen
hlasů
2
odpovědí
2
zobrazení
537
Vždy spustit pravidlo Snakefile (snakemake)
Položena 08/04/2016 v 10:05
uživatelem Chris
hlasů
2
odpovědí
2
zobrazení
202
Programování Pipeline paralelně
Položena 17/06/2016 v 18:21
uživatelem VickiT05
Položena 21/06/2016 v 20:27
uživatelem VickiT05
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
776
Re-write souborů s ochranou proti zápisu
Položena 29/06/2016 v 13:04
uživatelem VickiT05
hlasů
0
odpovědí
0
zobrazení
231
Je možné se dostat yapf ignorovat částí souboru?
Položena 08/07/2016 v 07:49
uživatelem The Unfun Cat
Položena 26/10/2016 v 11:12
uživatelem bli
hlasů
3
odpovědí
2
zobrazení
466
Jak to udělat částečný expandovat do Snakemake?
Položena 03/11/2016 v 09:37
uživatelem bli
Položena 09/11/2016 v 15:19
uživatelem bli
Položena 09/11/2016 v 15:53
uživatelem user3213137
hlasů
3
odpovědí
2
zobrazení
1k
Pravidlo název namísto cílového souboru: Snakemake
Položena 10/11/2016 v 23:08
uživatelem blaurent
Položena 13/11/2016 v 10:13
uživatelem Stephan
hlasů
0
odpovědí
2
zobrazení
237
Přístup k log soubory vytvořené pravidel snakemake
Položena 15/11/2016 v 05:49
uživatelem Andreas
Položena 18/11/2016 v 00:27
uživatelem olala
Položena 18/11/2016 v 21:04
uživatelem olala
Položena 21/11/2016 v 02:28
uživatelem Andreas
hlasů
1
odpovědí
1
zobrazení
95
Zabránit v tom, aby snakemake výstupní adresář
Položena 21/11/2016 v 21:36
uživatelem Harold
Položena 22/11/2016 v 15:39
uživatelem Andreas
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
213
Snakemake clusteru konfigurace v kombinaci s DRMMA
Položena 23/11/2016 v 16:43
uživatelem fitziano
hlasů
2
odpovědí
1
zobrazení
346
Snakemake: závislosti, které nejsou vstupní
Položena 25/11/2016 v 10:27
uživatelem blaurent
Položena 02/12/2016 v 16:09
uživatelem bli
Položena 02/12/2016 v 21:40
uživatelem olala
hlasů
3
odpovědí
2
zobrazení
182
Název aktuální pravidla se v Snakemake
Položena 05/12/2016 v 13:59
uživatelem glihm
hlasů
1
odpovědí
2
zobrazení
293
Snakemake: odebrat výstupní soubor
Položena 06/12/2016 v 13:30
uživatelem blaurent
hlasů
3
odpovědí
2
zobrazení
363
Opětovné použití zpravidla v Snakemake
Položena 06/12/2016 v 16:17
uživatelem glihm
hlasů
1
odpovědí
1
zobrazení
49
Instalace snakemake bez internetu
Položena 11/12/2016 v 18:36
uživatelem MichelleN
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
84
Snakemake + tmux
Položena 11/12/2016 v 19:26
uživatelem domino55
hlasů
-1
odpovědí
1
zobrazení
150
Problémy snakemake LSF
Položena 13/12/2016 v 12:38
uživatelem naamako
hlasů
2
odpovědí
0
zobrazení
139
Snakemake nejlepší praxe pro demultiplexování
Položena 14/12/2016 v 05:57
uživatelem kdmurrray91
Položena 16/12/2016 v 13:31
uživatelem bli
Položena 20/12/2016 v 19:57
uživatelem Jon
hlasů
1
odpovědí
0
zobrazení
56
Definování funkce pro Geany „filetype“
Položena 04/01/2017 v 13:59
uživatelem Gil Hornung
hlasů
2
odpovědí
0
zobrazení
299
Používání regulárních výrazů v snakemake žolíky
Položena 04/01/2017 v 14:07
uživatelem rioualen
Položena 12/01/2017 v 17:49
uživatelem vtrubets
hlasů
1
odpovědí
1
zobrazení
99
Globálně zatížení R knihovny v Snakemake
Položena 13/01/2017 v 17:01
uživatelem Zuup
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
428
Jak se dostat na cestu pracovního adresáře?
Položena 16/01/2017 v 11:52
uživatelem rioualen
hlasů
3
odpovědí
2
zobrazení
307
dávkové zpracování: GNU make, Snakemake nebo co?
Položena 17/01/2017 v 13:55
uživatelem Robyc
hlasů
1
odpovědí
3
zobrazení
453
použít více parametrů v snakemake
Položena 20/01/2017 v 16:16
uživatelem Kam Sen
Položena 27/01/2017 v 16:40
uživatelem Zuup
Položena 15/02/2017 v 16:08
uživatelem bli
hlasů
1
odpovědí
3
zobrazení
475
Snakemake: pomocí regulárních výrazů v expandovat ()
Položena 21/02/2017 v 10:44
uživatelem Zuup
hlasů
0
odpovědí
3
zobrazení
246
Snakemake: MissingInputException v snakemake potrubí
Položena 06/03/2017 v 15:42
uživatelem Mesmer
Položena 08/03/2017 v 15:27
uživatelem Veera
Položena 16/03/2017 v 14:21
uživatelem bli
hlasů
1
odpovědí
2
zobrazení
155
Jak předat argumenty zástupné Perl skript snakefile?
Položena 16/03/2017 v 15:36
uživatelem lvw
Položena 17/03/2017 v 07:55
uživatelem Kolja
hlasů
2
odpovědí
1
zobrazení
136
`Run` blok resetu snakemake config hodnoty?
Položena 22/03/2017 v 05:56
uživatelem RNA
Položena 24/03/2017 v 18:18
uživatelem Veera




Položena 28/03/2017 v 15:14
uživatelem lvw
Položena 30/03/2017 v 16:51
uživatelem crazyhottommy
Položena 10/04/2017 v 16:01
uživatelem Zen
Položena 12/04/2017 v 15:00
uživatelem msakya
hlasů
1
odpovědí
1
zobrazení
63
Snakemake: vzorky s dílčími položkami, jak chytit?
Položena 07/05/2017 v 14:43
uživatelem hetica
hlasů
1
odpovědí
1
zobrazení
50
Snakemake: error sub-workflow při výkonu v clusteru LSF
Položena 11/05/2017 v 11:22
uživatelem tdido
hlasů
1
odpovědí
2
zobrazení
296
Snakemake SGE Cluster Podání Issue
Položena 16/05/2017 v 20:56
uživatelem x.Doan
hlasů
0
odpovědí
0
zobrazení
47
Získání sekvence vychází z locus tag ID - SnakeMake
Položena 23/05/2017 v 10:03
uživatelem Anna Jeanine
Položena 25/05/2017 v 01:54
uživatelem TBoyarski
Položena 25/05/2017 v 08:22
uživatelem user3015703
hlasů
2
odpovědí
1
zobrazení
88
Používání pyenv v pravidle snakemake
Položena 01/06/2017 v 19:55
uživatelem rbrisk
Položena 08/06/2017 v 00:02
uživatelem TBoyarski
hlasů
2
odpovědí
1
zobrazení
236
MissinOutputException v snakemake
Položena 09/06/2017 v 08:32
uživatelem Jokhe
Položena 15/06/2017 v 07:23
uživatelem user3015703
hlasů
1
odpovědí
1
zobrazení
116
Thread.py chyba snakemake
Položena 18/06/2017 v 14:35
uživatelem user3015703
hlasů
1
odpovědí
1
zobrazení
237
‚Bez hodnoty uvedeny pro zástupný chyb‘ v snakemake
Položena 22/06/2017 v 14:24
uživatelem user3015703
Položena 27/06/2017 v 16:52
uživatelem Jon
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
80
Pobyt na dálkovém S3 RemoteProvider
Položena 27/06/2017 v 16:56
uživatelem K.Lai
hlasů
2
odpovědí
1
zobrazení
467
Dynamický výkon v snakemake
Položena 29/06/2017 v 01:16
uživatelem ate50eggs
Položena 04/07/2017 v 14:04
uživatelem Alexandre.S
hlasů
1
odpovědí
1
zobrazení
80
Snakemake: Wrapper příkaz protokolování
Položena 12/07/2017 v 01:04
uživatelem sebio
Položena 14/07/2017 v 21:26
uživatelem Bruno Grande
hlasů
1
odpovědí
1
zobrazení
123
jak předat funkci podle směrnice snakemake běhu
Položena 21/07/2017 v 20:09
uživatelem Vivek-Bh
hlasů
0
odpovědí
0
zobrazení
90
snakemake YAML configuation pro spárované bwa Align
Položena 25/07/2017 v 13:13
uživatelem mau_who
Položena 26/07/2017 v 16:58
uživatelem bli
Položena 28/07/2017 v 13:34
uživatelem bli
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
36
zřetězené parametry v SnakeMake
Položena 28/07/2017 v 21:18
uživatelem tedtoal
Položena 01/08/2017 v 16:20
uživatelem mau_who
Položena 03/08/2017 v 02:20
uživatelem TBoyarski
hlasů
-4
odpovědí
2
zobrazení
64
Kam hlásit návrhy SnakeMake
Položena 03/08/2017 v 18:51
uživatelem tedtoal
hlasů
1
odpovědí
3
zobrazení
204
Syntaxe pro použití konfiguračních dat v pravidlech
Položena 03/08/2017 v 20:34
uživatelem tedtoal
hlasů
1
odpovědí
2
zobrazení
475
snakemake zástupných znaků nebo rozšířit příkazu
Položena 04/08/2017 v 13:49
uživatelem mau_who
hlasů
0
odpovědí
0
zobrazení
121
snakemake přístup config výstupu
Položena 04/08/2017 v 18:16
uživatelem Matt
Položena 07/08/2017 v 18:44
uživatelem tedtoal
hlasů
1
odpovědí
1
zobrazení
32
Jak je snakemake název script přistupovat?
Položena 07/08/2017 v 22:33
uživatelem tedtoal
Položena 08/08/2017 v 16:39
uživatelem Zuup
Položena 08/08/2017 v 20:09
uživatelem tedtoal
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
44
snakemake pochopit výklad YAML na příkaz zarovnání
Položena 09/08/2017 v 10:37
uživatelem mau_who
hlasů
3
odpovědí
0
zobrazení
89
Snakemake: dynamic + non-dynamický výkon
Položena 09/08/2017 v 20:10
uživatelem Sean Colby
hlasů
1
odpovědí
2
zobrazení
80
Co jsou soubory metadat snakemake? Kdy mohu vymazat ty?
Položena 10/08/2017 v 08:09
uživatelem bli
Položena 10/08/2017 v 12:33
uživatelem rioualen
Položena 10/08/2017 v 23:44
uživatelem tedtoal
Položena 16/08/2017 v 13:56
uživatelem tdido
Položena 17/08/2017 v 06:39
uživatelem Jan Schreiber
Položena 17/08/2017 v 21:08
uživatelem yevishere
Položena 18/08/2017 v 20:59
uživatelem tedtoal
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
31
Problém držák velí snakemake clusteru
Položena 18/08/2017 v 21:42
uživatelem yevishere
hlasů
0
odpovědí
0
zobrazení
53
Workflow Odpojení
Položena 19/08/2017 v 04:58
uživatelem domino55
hlasů
0
odpovědí
0
zobrazení
35
MissingOutputException Python 3 a ReportLab
Položena 21/08/2017 v 10:47
uživatelem merella.stefania
hlasů
1
odpovědí
1
zobrazení
306
Pravidlo SnakeMake s Python skript, Conda a klastru
Položena 21/08/2017 v 16:15
uživatelem Alistair Miles




Položena 21/08/2017 v 20:42
uživatelem yevishere
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
85
Uložení výsledek příkazu shell
Položena 28/08/2017 v 09:01
uživatelem khikho
hlasů
1
odpovědí
1
zobrazení
105
Použití argparse v Snakemake skriptu
Položena 30/08/2017 v 23:57
uživatelem JeeYem
Položena 31/08/2017 v 20:44
uživatelem tedtoal
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
39
Každá analýza dráha psaný v hadí
Položena 31/08/2017 v 22:54
uživatelem user977828
Položena 05/09/2017 v 22:00
uživatelem tedtoal
Položena 06/09/2017 v 03:57
uživatelem mitoRibo
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
119
Příkaz Snakemake touch
Položena 06/09/2017 v 10:13
uživatelem mau_who
Položena 08/09/2017 v 16:32
uživatelem hardingnj
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
37
Soubor Proxy na snakemake kódu
Položena 11/09/2017 v 14:11
uživatelem mau_who
hlasů
1
odpovědí
1
zobrazení
134
Několik „params“ v souboru Snakemake
Položena 13/09/2017 v 10:00
uživatelem Michael Schubert
Položena 13/09/2017 v 13:06
uživatelem Michael Schubert
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
50
Snakemake: pravidlo generovat podivné výsledky
Položena 19/09/2017 v 12:53
uživatelem user4249654
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
80
snakemake jak zakódovat analisys páru
Položena 19/09/2017 v 21:56
uživatelem mau_who
Položena 25/09/2017 v 06:25
uživatelem tedtoal
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
117
pravidla Snakemake
Položena 25/09/2017 v 06:43
uživatelem jk_kim
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
86
snakemake řídit vzorek páru a indelrealigner
Položena 25/09/2017 v 20:18
uživatelem mau_who
Položena 26/09/2017 v 12:51
uživatelem mgalardini
Položena 26/09/2017 v 13:36
uživatelem Rewati Tappu
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
140
Vstupní zástupných Omezení Snakemake
Položena 01/10/2017 v 00:58
uživatelem Mike Dacre
Položena 02/10/2017 v 15:45
uživatelem hardingnj
Položena 04/10/2017 v 01:24
uživatelem bwubb
hlasů
2
odpovědí
2
zobrazení
148
Zpracování chyb sigpipe v snakemake
Položena 04/10/2017 v 15:56
uživatelem dariober
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
57
čekací doba pro snakemake
Položena 06/10/2017 v 12:00
uživatelem mau_who
Položena 08/10/2017 v 17:12
uživatelem sharchaea
Položena 08/10/2017 v 22:50
uživatelem tedtoal
Položena 12/10/2017 v 16:25
uživatelem David M
Položena 13/10/2017 v 16:08
uživatelem bwubb
hlasů
1
odpovědí
1
zobrazení
122
Význam referenčních proměnných v snakemake
Položena 18/10/2017 v 15:03
uživatelem bli
Položena 19/10/2017 v 07:17
uživatelem Kim
Položena 20/10/2017 v 19:23
uživatelem Sajber
Položena 20/10/2017 v 20:14
uživatelem Colin
Položena 24/10/2017 v 10:32
uživatelem Sajber
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
60
Rekurze / opakování pravidel v snakemake
Položena 26/10/2017 v 06:38
uživatelem Cerikson
hlasů
1
odpovědí
0
zobrazení
151
Jak používat prostředí každé pravidlo v snakemake?
Položena 26/10/2017 v 07:43
uživatelem A. Fust
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
24
Ignorovat / no-use klastr pro určitá pravidla
Položena 27/10/2017 v 13:03
uživatelem bwubb
Položena 03/11/2017 v 02:44
uživatelem SlowLearner
hlasů
0
odpovědí
0
zobrazení
45
snakemake filtrování dynamických souborů
Položena 03/11/2017 v 10:23
uživatelem Fenrir
Položena 03/11/2017 v 18:22
uživatelem bli
Položena 07/11/2017 v 02:21
uživatelem Cerikson
Položena 07/11/2017 v 15:03
uživatelem ezhao15
Položena 09/11/2017 v 21:47
uživatelem mau_who
Položena 10/11/2017 v 04:16
uživatelem tedtoal
Položena 12/11/2017 v 12:44
uživatelem pirovc
Položena 13/11/2017 v 15:15
uživatelem Carlus
Položena 13/11/2017 v 16:32
uživatelem Carlus
Položena 15/11/2017 v 20:12
uživatelem JeeYem
Položena 15/11/2017 v 23:46
uživatelem dugar
hlasů
1
odpovědí
0
zobrazení
23
Aktivací volby v snakefile
Položena 20/11/2017 v 17:52
uživatelem tedtoal
hlasů
1
odpovědí
0
zobrazení
19
Více instancí pravidla s FTP.remote jako vstup
Položena 20/11/2017 v 23:13
uživatelem Barry Moore




Položena 21/11/2017 v 14:20
uživatelem Kamil S Jaron
Položena 24/11/2017 v 09:57
uživatelem rioualen
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
36
Jak odpovídat ID úlohy na skript pravidlo shell
Položena 29/11/2017 v 14:50
uživatelem l0o0
Položena 01/12/2017 v 19:49
uživatelem JeeYem
Položena 04/12/2017 v 14:55
uživatelem fiona
hlasů
0
odpovědí
0
zobrazení
103
jak zástupných znaků v pravidlech, Snakemake
Položena 04/12/2017 v 19:52
uživatelem Yan W.
Položena 05/12/2017 v 04:14
uživatelem Hirak Sarkar
hlasů
1
odpovědí
0
zobrazení
34
Příliš mnoho souborů `.snakemake` složce
Položena 12/12/2017 v 12:24
uživatelem Jan Schreiber
hlasů
0
odpovědí
0
zobrazení
21
Jak najít tu správnou úložiště
Položena 14/12/2017 v 01:56
uživatelem Anlin Li
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
65
Snakemake jednu hvězdičku a také rozšířit
Položena 18/12/2017 v 16:36
uživatelem par
hlasů
2
odpovědí
0
zobrazení
32
Snakemake: vrátit a uklidit temp () soubory
Položena 19/12/2017 v 14:29
uživatelem Jonathan Manning
Položena 19/12/2017 v 19:33
uživatelem Bharat
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
51
snakemake různá prostředí za subworkflow
Položena 22/12/2017 v 09:32
uživatelem Tjitske
hlasů
1
odpovědí
1
zobrazení
75
Přístupové vnořené config proměnných v zásadě
Položena 28/12/2017 v 06:29
uživatelem Daniel Standage
Položena 28/12/2017 v 14:15
uživatelem rioualen
Položena 05/01/2018 v 08:37
uživatelem Anlin Li
Položena 05/01/2018 v 11:05
uživatelem rioualen
Položena 05/01/2018 v 17:08
uživatelem Patrick Roelli
Položena 09/01/2018 v 12:18
uživatelem Chris
Položena 09/01/2018 v 18:16
uživatelem fakechek
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
63
Pravidlo není sebrán snakemake
Položena 10/01/2018 v 15:29
uživatelem yahan
Položena 11/01/2018 v 21:16
uživatelem user1973192
Položena 15/01/2018 v 13:00
uživatelem Julien Lagarde
Položena 19/01/2018 v 15:57
uživatelem Uri Laserson
hlasů
1
odpovědí
0
zobrazení
49
lambda výraz na vstupní argumenty
Položena 21/01/2018 v 16:16
uživatelem khikho
Položena 24/01/2018 v 04:18
uživatelem Andreas
Položena 24/01/2018 v 14:03
uživatelem tfenne
Položena 25/01/2018 v 09:55
uživatelem yahan
hlasů
1
odpovědí
0
zobrazení
126
Snakemake: R script selže (téměř) okamžitě
Položena 25/01/2018 v 10:17
uživatelem fakechek
hlasů
1
odpovědí
2
zobrazení
147
Použití více názvy jako zástupné znaky v Snakemake
Položena 25/01/2018 v 13:03
uživatelem bapors
Položena 25/01/2018 v 19:50
uživatelem seandavi
hlasů
1
odpovědí
0
zobrazení
63
sh: command not found při použití Snakemake profilů
Položena 28/01/2018 v 16:35
uživatelem Lucas van Dijk
hlasů
1
odpovědí
1
zobrazení
55
Snakemake paměť omezující
Položena 31/01/2018 v 12:33
uživatelem bapors
Položena 01/02/2018 v 03:00
uživatelem Mike Dacre
Položena 01/02/2018 v 17:07
uživatelem anilbey
hlasů
1
odpovědí
0
zobrazení
19
Snakemake: multi-level JSON parsování
Položena 06/02/2018 v 09:24
uživatelem Nicolas Rosewick
Položena 07/02/2018 v 17:30
uživatelem user9328894
Položena 07/02/2018 v 19:02
uživatelem Thomas Moody
Položena 08/02/2018 v 12:37
uživatelem anilbey
hlasů
1
odpovědí
1
zobrazení
44
InputFunctionException s KeyError
Položena 09/02/2018 v 16:08
uživatelem user3015703
Položena 09/02/2018 v 20:34
uživatelem K.Lai
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
24
Vstupní funkce snakemake podivné výsledky
Položena 09/02/2018 v 20:36
uživatelem mau_who
hlasů
1
odpovědí
1
zobrazení
58
Snakemake: Chyba s unexisting zástupným znakem
Položena 12/02/2018 v 13:35
uživatelem Nicolas Rosewick
Položena 14/02/2018 v 10:03
uživatelem user9328894
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
65
snakemake seskupit soubory pomocí zástupných znaků
Položena 14/02/2018 v 11:32
uživatelem Nicolas Rosewick
hlasů
1
odpovědí
0
zobrazení
66
hierarchická dynamický výkon v snakemake
Položena 15/02/2018 v 12:08
uživatelem kiero
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
41
Snakemake nehraje dobře s wget
Položena 16/02/2018 v 00:35
uživatelem conchoecia
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
33
Snakemake: jak změnit kartu doslovný
Položena 20/02/2018 v 15:21
uživatelem Nicolas Rosewick
hlasů
0
odpovědí
1
zobrazení
79
Ručně vytvořit snakemake zástupné znaky
Položena 21/02/2018 v 15:09
uživatelem fakechek

Cookies help us deliver our services. By using our services, you agree to our use of cookies. Learn more